Wine is not an emulatorПоэтому никаких ресурсов на "поддержание работы среды Windows" не затрачивается. Разница в производительности может быть вызвана лишь тем, что в настоящей Windows используется более эффективная реализация тех или иных библиотек. Но этот эффект может быть и обратным.