Также был такой баг, что после прохождения второго уровня и перехода в меню музыка с уровня накладывалась на музыку из меню. Дело в том, что фоновая музыка включалась через скрипт. После того, как на уровнях отключил скрип и сделал музыку через пустой объект (обычный GameObject) , на который положил Audio Source, проблема исчезла.