Несмотря на все преимущества, у новых МФО есть и недостатки. Одним из них являются высокие процентные ставки по займам. Обычно они значительно выше, чем в традиционных банках. Это объясняется высокими рисками, которые берут на себя МФО, работая с заемщиками, имеющими низкую кредитоспособность.