Metroid 2: Return of Samus — вторая игра серии выпущена для Game Boy в ноябре 1991 года в Северной Америке, в январе 1992 года — в Японии и в мае 1992 года — в Европе.

Игра повествует о миссии Самус Аран по уничтожению всех метроидов на их родной планете SR388, чтобы Космические Пираты не смогли воспользоваться ими для своих зловещих целей. На этой планете Самус встречает метроидов в различных стадиях их эволюционного жизненного цикла — от маленьких существ, похожих на медузу, до огромных летающих монстров (Альфа, Гамма, Зета и Омега); наконец, она встречает Королеву метроидов и убивает её. На обратном пути к своему кораблю Самус находит в пещерах яйцо, из которого прямо у неё на глазах вылупляется маленький метроид. Малыш привязывается к Самус, считая её своей матерью, и следует за ней к кораблю.