если прям капец как вкратце, то главная героиня заперла хонкай на Луне (вместе с собой), но на самом деле борьба с хонкаем это лишь одна из сюжетных веток, она как бы двигала сюжет, но не всегда являлась самой важной.

Хонкай как бы побежден и взят главной героиней части 1 под контроль, но там появилась новая сущность которая мощнее и опаснее хонкая