У тебя на что снято? У меня просто когда была такая проблема,то оказался виноват телефон,дескать он с переменным значением кадров в секунду снимает,а звук при этом я синхронизировал с внешнего рекордера. В таком случае сначала нужно перевести в постоянный ФПС видос,а затем звук накладывать.
CamUs