Действие Lost Sphear развернется в далеком городке, где маленький мальчик по имени Каната пробуждается от долгого и глубокого сна и обнаруживает, что его дом исчез, а сам город постепенно разрушается. Для того, чтобы предотвратить исчезновение своей родины, Канате и его друзьям придется отправиться в длительное путешествие и восстанавливать раз…