Эггман после Sonic 2 вновь строит станцию Death Egg, но уже на острове Ангела, на котором живёт ехидна Наклз. Эггман обманом переманивает его на свою сторону, натравляя того на Соника, говоря, что тот пришёл за Главным Изумрудом. И именно поэтому Наклз в самом начале нападает на ежа и отбирает Изумруды Хаоса.
В итоге, Соник и Тейлз находят место стройки Death Egg и предотвращают его запуск на орбиту, однако станция падает прямо в жерло вулкана, где находится алтарь Главного Изумруда. Туда добирается Эггман и похищает камень прямо на глазах Наклза, попутно подарив тому хороший такой заряд бодрости посредством электрического тока. Ехидна помогает Сонику и Тейлзу добраться до поднимающейся вновь в небо станции, где Соник разбирается с Эггманом и возвращает Главный Изумруд обратно на своё законное место, а остров взмывает в небо.
Играя за Наклза, мы получаем небольшое продолжение истории. Тот мирно отдыхает на острове Ангела, пока Эгг-Робо, один из серийных роботов Эггмана, не наводит шухер на острове. Преследуя его, Наклз оказывается в небесном храме, где сталкивается с Меха Соником — роботом, с которым ранее сражался на этом же месте Соник. Тот пытается убрать Наклза с помощью силы Главного Изумруда, но терпит поражение.