Зайду издалека с длинным комментарием и спойлерами. В артбуке написано, что Захаров изначально напросился у Сеченова в напарники к Нечаеву, рассчитывая в конце концов захватить управление над Коллективом. И слияние с Массивом — это даже покруче, чем особые привилегии альфа-коннектора.
Сеченов по отечески относится к своим подчинённым и творениям, это видно и по ходу игры, и по записям, и по прототипу, с которого писался (в артбуке написано, что он частично вдохновлён доктором Нортоном из Робокопа 2014 года). Такой утопист, который даже разочаровавшись всё равно верит в людей, науку и будущее. В отличии от мизантропа Захарова, которому нужно подорвать доверие Нечаева к Сеченову и устранить любые препятствия на своём пути (Захаров сам в конце заявляет, что сделал всю грязную работу за Сеченова и тот белоручка).
Сеченов потерял контроль над комплексом, но его основная задача — замять инцидент, а не привлечь ещё больше внимания, убив члена политбюро и группу спецназа его охранявшего. Такие действия привлекут только ещё больше внимания. При этом вполне возможно, что Сеченов хотел договориться с Молотовым. Если не получится, то шантажировать его: можно вспомнить письмо Ласточкину от Сеченова о приёме Молотова по высшему разряду в театре. Или в конце концов при личном разговоре в качестве крайней меры натравить на него Массив (красный полимер), поэтому и взял его с собой. Но не использовать Нечаева в тёмную. При уровне доверия Нечаева к Сеченову в этом вообще нет особой надобности: в случае открытого конфликта с Молотовым скорее всего, что Нечаев выбрал бы сторону Сеченова, а не недоверчивого партаппаратчика.
Ну и последний момент. Имплант Восход разработал Захаров, он, как я понимаю, подавляет воспоминания и позволяет Нечаеву оставаться в нормальном сознании. Каким образом Сеченов им удалённо управляет? При этом помним, что при втором включении Штокхаузен оказывается растворённым в ванне с красным полимером. Была попытка третьего включения в Академии до доступа в архивы, но Нечаев сумел подавить переход и-и-и Захаров на время отключился. При этом Сеченов не знает, где и с кем Нечаев в этот момент. Перед уходом из архива Захаров проснулся, выдал гневную речь, и в лифте (как удобно!) уже Нечаев убивает Ларису.
Ну и про бабу Зину информация из артбука. Там написано, что она занимается правительственной связью в комплексе и подчиняется Сечинову, но в конечном счёте отвечает только лично перед Хрущёвым. Правительственный агент, короче. И возможно её науськивание Нечаева на босса — не только из-за Екатерины, но и приказ верхов после произошедшего с Молотовым.
Просто проблема в том, что Сеченов избегает крайних мер всё повествование и будет очень странной такая резкая смена характера. Например, узнав о планах Петрова, он его сажает на перевоспитание (что бы это не значило) в Вавилов, а не убивает. Затем просит Нечаева поймать Петрова и доставить живым. И это при том, что возможность получить нужные знания из Петрова, используя Накопитель, у него была всегда. И в случае со Штокхаузеном не очевидно, какой приказ был у Близняшек. Например, сопроводить Штока для получения данных из Петрова и не более (далее пусть его защищает Нечаев). Или Шток мог погибнуть от осколка гранаты и его растворили в полимере по согласованию с Сеченовым. Или они отступили из-за припадка Нечаева. Авторы явно оставили многозначительность, чтобы при необходимости повернуть потом историю так, как им захочется.