Работают ли сохранения которые были сделаны на эмуляторе nin.switch для самой свича?

Да, работают. Даже обычные сейвы работают, проверил на Скайриме и Автомате. С нюансами.

Между эмулями перекидываются, значит файлы стандартные для консоли. Должно работать, поч бы и нет

там гуглиться как на комп сохранения бросить.