Сразу скажу, сам не читал.
Еловенко, "Мы - силы", про затопление Питера. Только это не рассказ, а кирпич на 600+ страниц.
Паоло Бачигалупи, "Разрушитель кораблей" - вообще трилогия, действие происходит мире по большей части затопленном.