Игрок член группировки религиозных фанатиков «Монолит». Конфликт с группировкой «Свобода» приводит к гибели отряда Монолита (игрок выживает). Безоружного игрока закрывают в подземном лабиринте, где он имеет очень мало шансов выжить. Игрок должен спастись и добраться до своей группировки, он владеет важной информацией (коды доступа к архивным документам или что-то подобное). Чтобы добраться до своей группировки он вынужден добыть средства к существованию (деньги, пищу, оружие и экипировку). Из новостей от сталкеров и торговцев он узнает о начавшейся войне группировок «Монолита» и «Свободы». Странные события происходят вокруг игрока, загадочные гибели сталкеров, жестокие убийства. Что-то странное происходит и с игроком. Время от времени, когда он засыпает, пропадают целые дни, которых игрок не помнит.
Группировка «Монолит» пытается создать своего рода «мессию» (они в это верят). Члены группировки раскапывают необходимые элементы (прототипы и документацию). Прототип «мессии» лежит в коме. Игрок помогает собирать необходимые части. Когда все собрано, все члены группировки собираются в подземной лаборатории. В этот торжественный момент происходит пробуждение «мессии». После пробуждения «Мессия» уничтожает всю группировку Монолит. Все кто что-либо знают о нем, должны умереть. Игрок спасается из лаборатории и начинается бегство по Зоне. «Мессия» следует по пятам игрока, попутно уничтожая все живое, что встречается на пути. После посещения бара, «Мессия» приходит туда и не оставляет никого живым. Игрок не может уничтожить «Мессию», ему приходится прятаться в Зоне. Чтобы справиться с «Мессией» игрок наведывается в разрушенные останки группировки «Монолит». Там можно найти информацию, которая натолкнет игрока на проект «О-Сознание», зомбирование группировок и т.д. Чтобы спастись, игрок должен добраться до центра Зоны и уничтожить представителей проекта «О-Сознание»…