Неплохо, но во-первых есть и другие части серии, кроме третьей.
И в них не подразумевалось то, как закончилась трилогия, то есть разработчики  в тот момент еще не знали ни про крусибл, ни про мальчика.
Второе:  Шепард-ренегат имеет все тот же доступ к концовкам (кроме синтеза, скорее всего). То есть мальчику насрать на то, решил Шепард конфликты или у него все накрылось и народы перебили друг друга. Что как бы намекает на то, что статья очередной фанфик про очередное одурманивание.

На самом деле с катализатором все очень просто - цикл с Шепардом первый, кто смог пристыковать крусибл к Цитадели.
Все, никакого волшебства.
Органики дошли до того, что мало того что построили крусибл (придумывали и проектировали его множество циклов), но еще и смогли прорваться через оборону риперов, и компуктер понял, что обратно дороги нет. Следующий цикл будет еще более жесткий. 
Крусибл дал катализатору новые возможности (цитата, если что), и тот дал органикам самим решать свою судьбу.