К сюжету также есть вопросы. Хоть основа осталась всё так же про взросление, поиск себя и влюблённость, сместились акценты истории, что заметно по видениям апокалипсиса в начале первых серий. Взаимоотношения героев стали скорее целью для более глобальных событий, нежели случайным катализатором как в оригинале. Из-за этого происходящее становится однозначным. С одной стороны в изобилии даются ответы об устройстве мира FLCL. С другой, а нужны ли FLCL ответы?