В один из летних деньков Токио содрогается от крупного террористического акта. За этим стоит некая организация, именуемая «Сфинкс» и появившаяся буквально из ниоткуда. Вот только состоит эта организация всего из двух школьников, Араты «Девять» Коконоэ и Тодзи «Двенадцать» Хисами, а также неожиданно присоединившейся к ним Лизы Мисимы. Пока все ищут злодея, эта троица делает первый ход в игре, частью которой стало всё население Японии.