Ну все, что могло случиться с физикой в js за последнее время - переход на wasm, что должно дать прирост производительности небольшой.

По поводу джоинтов - в том же unity напилены поверх свои, кажется.

Можно пойти по такому же пути.

Но чет геморроем это попахивает.