сложный вопрос

поначалу Вейдер был никем. Просто вдруг появился в Империи некий хер, который выполнял волю Императора. Я бы сказал что в течении 1-5 лет после создания Империи Вейдер имел должность аналогичную своей старой - генерал 501 легиона, но с расширенными полномочиями по велению Императора.
Потом в течении лет 10...официально от таким и был, но неофициально все знали, что его приказы надо исполнять. Хотя легально, особенно гражданские высшие должности, могли его посылать.
А вот к моменту 4 эпизода, да Вейдера Император сделал полуофициальным руководителем Имперских ВС. НО!!! При этом Вейдер всё равно должен был подчиняться другим высшим гражданским, каким например был Таркин (гранд-мофф).

Также ещё есть такая фигня как военная этика, то есть подчиняться капитану корабля это по этикету, даже если тот кто поднялся на борт выше в иерархии.
В той же книге Траун-Альянсы, Вейдер подчинялся Трауну когда был на борту Химеры.