Как будут работать? Да легко.
У них в половине фильмов местные просто заняты, либо далеко типа Тора или Капитанши.
Поэтому будет 2 команды: Ф4 и Х-мены. Тот же Логан часто был в кроссоверах, да ещё и вроде как был в одной из команд Мстителей.

Но да, их сюжетка гораздо лучше в отрыве от остальной вселенной. Как будто бы наиболее оптимальное решение - делать из именно антагонистами классическим командам (мировоззрение у них останется тем же: не цветочки, но и не зло злейшее). Ну и далее делать их конкурентами правительственным силам: тип бюджет на спонсирование суперов ограничен, доходы не монетизированы так, чтобы это моментом окупалось, а число суперов растет. Вот и начнут конкурировать за гранты.