сцены с QTE не только полностью убивают ощущение контроля над персонажем, но и жёстоко наказывают игрока за провал

Вообще-то нет. Жёсткость наказания определяется сюжетом, и 90% QTE ничем не наказуемо, кроме замены ощущения "я знаю кунфу" на "побит, но выжил".

При этом, когда Кэра с Алисой (и Лютером) могут попасть в утилизационный лагерь или уехать в Канаду - этот выбор происходит в недо-QTE из одного многократного Х.
Тут стоит задать вопрос, насколько важно ощущение контроля за сюжетом, а не за персонажем.
Я считаю, зависит от сюжета.