Ваще непонятно во что это выльется.

С одной стороны, МС сейчас очень много делает для того, чтобы максимально повернуться лицом к опенсорсу — и исходники какие-то открывают, и весьма неплохой инструментарий бесплатно дают, и сами много чего контрибьютят, и интеграцию с опенсорс-решениями делают, и ваще няшечки. Так что в ближайшем будущем Гитхабу вряд ли что-то грозит.

С другой же стороны, когда рано или поздно руководство МС опять поменяется, ожидать можно будет чего угодно. Поэтому лучше подстелить соломку на стороне.