Оно местами опирается на оную, так что многие моменты будут просто непонятны.

Большой четырехрукий "босс" в конце - не абстрактный монстрик, а вполне конкретный - это одно из воплощений искажений историй из Клетки из Nier: Reincarnation. Т.е., вероятно, это не "реальность", а повреждённая "запись".
Кроме того, в последних главах Рейна напрямую говорится, что Клетка содержит "все возможные исходы событий" (гуглим "Эвереттика"), и "запись" из аниме вовсе не обязательно повторяет события игры. Это, кстати, не ново для серии, т.к. мир Nier - альтернативная реальность Drakengard.