Это почти прямо говорится, когда Алан находит щелкунчика, там он видит страницы Зейна где тот описывает детство Алана и ту самую сценую с щелкунчиком.
так что да, сам Алан это герой созданный Зейном.
Там правда косяк, что по идее сказано что писатель не может менять прошлое своими писаниями, но похоже на это положили болт.

Ну в первой части и говорилось о том, что алан персонаж Зейна - у меня почему-то это из головы вылетело, но там не упоминался побег, Зейн скорей выступал проводником, чтобы силы тьмы победить.

Надо ещё поразмыслить, ведь во второй части очень часто встречается фраза: "когда ты уйдешь, твои друзья познакомятся с ним"