Красная концовка очевидна же по разрушенному ретранслятору и мертвым жнецам. Другое дело что сюжет вряд ли вобще уже написан, так что все еще сто раз может поменяться. 

Куда они денутся - ?
есть два стула - признать "теорию одурманивания каноном" и вернуться к конфликту "жнецы спасают галактику от эффекта массы" - а это был глюк шепарда.
Либо взять одну из концовок : синтез, отказ, уничтожение и из нее развивать, "забыв" что Шепард в процессе умирает

Ну, уже было что-то подобное. Например если Шепард во второй части умирал, то нельзя было сохранение с этой игрой перенести в третью часть