Ковенант, потерпевший временное поражение в первой части, возобновляет свои агрессивные действия в Halo 2. Инопланетный альянс продолжает миссию по уничтожению человечества, несмотря на все усилия людей и Джона-117. Оборона Земли была прорвана, оставив человечество в уязвимом положении. В этих критических условиях игрок снова берёт на себя роль Мастера Чифа, который ведёт сопротивление против Ковенанта в попытке спасти Землю от неминуемой катастрофы.

Глава 2. Halo 2