Star Trek: New Horizons для Stellaris. Такого объема работы в рамках одного мода я еще не видел, да и модом-то не поворачивается язык такое называть, в том же Rock, Paper, Shotgun STNH назвали лучшей игрой по ST всех времен (и да, понятно, что с играми у ST всегда было плохо).

Ну и Diaspora: Shattered Armistice, если можно считать созданные фанатами бесплатные игры на основе открытого движка (FreeSpace Open).