Для работы над игрой мы (2 человека) применяли:
Unity (+FMOD)
Blender - моделирование
GIMP - текстуры, концептирование окружения, персонажей
yEd Graph Editor - концептирование диалогов
PureRef - менеджер референсов
Studio One (позже было решено перейти на LMMS) - создание музыки
MuseScore - создание партитур для игровой музыки (не очень нужное дело, чисто для фана)
Bitbucket - репозиторий для проекта
SmartGit - клиент для работы с репозиторием