Почти так и делал, да, а если конкретнее, то рисовал спрайты на листочках в клеточку. Затем не фотографировал, а сканировал их (это на самом деле важное отличие), а затем "резал" на спрайты.

А резал я их относительно просто. Т.к. изображения были взяты сканером, но они имели достаточно большое разрешение (но не сказать, что качественное), а в игре используется странное сочетание плоского пиксельно-нарисованного 3д, что давало свои преимущества.
Секрет правильной альфы был таким: брался скан, затем немного корректировались уровни цвета (чтобы сетка на бумаге была менее замета, а чёрный становился темнее). Затем "волшебной палочкой" выбиралась нужное место, где должно быть пусто и удалялось, а уже потом этот скан в высоком разрешении уменьшался до игровых, например, 64х64. Важный момент: чтобы волшебная палочка сработала верно, то сам рисунок должен быть "замкнут" т.к. как при заливке в пейнте - если есть где-то дыра, то результат будет не таким каким нужно.

А фотографии листов со спрайтами я сделал в качестве бонусного контента в игре, сами фотографии не использовались в разработке графики.