1) Ну, Хиггс и в первой игре был поехавший и одержимый Амелией. Этим, мне кажется, объясняется его прическа, колье Амелии на шее и, скорее всего, он основал культ Амелии, судя по её фигуркам.
2) Чисто теория: в первом трейлере мы видим Фрэджайл, спасающуюся с Лу от кого-то, но убежать не удалось, и девочка куда-то делась. Вряд ли нам покажут её смерть, скорее, её украли. Персонаж Фаннинг - Лу взрослая. Возможно Хиггс выкрал её, закрыл в кокон, может даже на берег сплавил, где, по-видимому, время течёт иначе, и Лу выросла быстрее (в конце трейлера, если не ошибаюсь, герои говорят, что в коконе девушки жидкость была питательная, то есть она словно в яйце была и росла).
3) Дождь был уже не темпоральный, эффект был снят действиями Сэма (если не ошибаюсь). Как минимум на территории, где он оказался в финале.
4) Амелия осталась на берегу.