Как я понял, после подключения к Микоши и после того как Альт разделила энграммы Ви и Джонни, то теперь нельзя их обоих вернуть в одно тело) А обоих отправить к Альт как-то тупо. Хотя странно, что не добавили такой вариант, всяко логичнее, чем пустить пулю в лоб.

Разделить их имеет смысл ещё потому, что если телом через силу продолжит управлять Ви, с Джонии в голове, то тело умрёт.

А если отдать тело Джонни, то сознание Ви будет уничтожено. И логичнее его хоть в каком то виде сохранить, отправив к Альт.

+ Концовки Солнце и Звезда открытые, так что не факт, что Ви умрёт, после разделения. Концовка Башни, даёт понять что решение этой проблемы есть. А раз есть одно решение, значит могут быть и другие. Так что имеет смысл отправить Джонни к Альт и оставить Ви тело.