Чтобы инстанцировать префаб его нужно сначала загрузить. Поэтому в памяти будет и префаб и инстанс. В случае если мы грузим сцену с объектом префаб не нужен, у нас сразу будет инстанс.

Как вариант. Мы, к примеру, обычно всю гуятину в отдельной сцене храним и грузим асинхронно. Это быстрее, чем в основной сцене что-то инстанциировать. Из минусов, разве что, много памяти может жрать, хотя окна не используются.