1) Японцы - очень негибкие люди в вопросах авторских прав. Вполне вероятно, что правообладатели каверов Fly me to the Moon уперлись рогом по известной только им одним причине и дело не в деньгах. В конце-концов, в японском нетфликсе все эндинги на месте.
2) 好き (suki) вполне можно перевести как "like", это не является ошибкой. Конечно, в дело вступает контекст сцены, но тут выясняется, что...
3) Что khara (нынешние правообладатели Project Eva), в отличие от Gainax (разорившиеся предыдущие правообладатели), весьма жестко контролируют перевод и дубляж на других языках. На скрине - заявление Тиффани Грант, исполнительницы роли Аски в старом дубляже NGE и фильмах Shin Evangelion. Что в Ребилдах, что в нетфликсовом переводе khara могли вносить безоговорочные правки в перевод ("four-eyed crony", "third children", "I like you" и прочие аномалии).

Так что я бы не стал валить на Netflix всю вину. Денег у них хватает буквально на все, но работать с японскими издательствами всегда тяжело и это ни для кого не секрет. Скорее всего, по всем спорным моментам пришлось идти на компромиссы.