Как именно организовать префабы - зависит от конкретной игры и того, как именно структурирован код. Например, если пользователь будет видеть просто несколько разных вариантов фиксированных домов, то все дома, возможно, стоит обьеденить в один префаб.
Если подобных домов планируется очень много разновидностей, то можно сделалать общие префабы по отдельным тематикам зданий или по зданиям с одинаковой площадью.
Если планируются разные варианты апгрейдов зданий или детальные стадии возведения каждого домика, с отдельными моделями под это, то в отдельный префаб можно вынести уже сам дом и его стадии/апгрейды.