У них большая, типичная проблема компании во время взрывного роста - много новых людей и неопытные менеджеры. Чаще всего новоиспеченные менеджеры - просто разработчики, которых назначили, потому что они лучше всех работали на своей должности, но не потому, что они показывают навыки хороших руководителей.
В итоге у них наверняка эти свежие руководители отчитываются, что всё "Ок" и их отделы всё успевают - просто чтобы не упасть в глазах руководства, которое им доверило серьезную задачу. И в итоге их работники пашут как кони. Впрочем, как и они сами. Но у этих новоиспеченных менеджеров есть мотивация "показать себя" перед руководством, а вот у их подчиненных не особо.  
По той же причине до руководства доносится, что все сотрудники согласны попахать и т.д. - они чаще всего и правда могли не спросить никого или пару самых активных, а доложить руководству, что весь их отдел за.
Ну и конечно топ менеджеры еще не умеют управлять такой большой компанией - и не в курсе о работе низов, не спускаются ниже руководителей отделов.
И да - часто работа строится по гибким методологиям, которые совершенно не предназначены для проектной работы (подразумевающей сдачу проекта к определенному сроку).