Как первой флагманской игре Monolith Soft и духовной наследнице Xenogears, Xenosaga было на что равняться. В некоторых отношениях Xenosaga выдержала такое же сложное и заставляющее задуматься повествование, как и ее предшественница, но при этом разделила ту же судьбу. История начинается через тысячи лет после того, как человечество нашло таинственный предмет, известный как Зоар, и сбежало с Земли. Инопланетная угроза, известная как Гнозис, поражает галактику, и Шион Узуки и ее боевой андроид KOS-MOS должны дать ей отпор. Как и в Xenogears, сюжет становится запутанным и сложным; планировалось, что это будет еще одна сага из шести частей. Хотя Xenogears и Xenosaga имеют поразительное сходство в сюжете, персонажах и многом другом, они не связаны напрямую из-за несовпадения временных рамок и того факта, что обе игры издаются разными компаниями. В отличие от своей предшественницы, Xenosaga растянула свою историю на три игры для PlayStation 2.