Согласно директиве, в их задачу входит: любым способом уничтожить инопланетную угрозу, а также скрыть инцидент, что подразумевает ликвидацию как пришельцев, так и всего персонала комплекса. Поначалу высокое преимущество военных постепенно снижается, и им приходится вести ожесточённые бои как с представителями цивилизации Зена, так и с новоприбывшей Расой X. С помощью выжившего персонала «Чёрной Мезы» и защитного костюма HEV Гордону Фримену удаётся, обходя особо тяжёлые сражения, пробраться через комплекс, сражаясь с солдатами HECU и уничтожив некоторое количество оборудования военных, включая танки, вертолёты, БТР’ы и автоматические турели. Через некоторое время в «Чёрную Мезу» прибывает пополнение в лице представителей Расы X, пришельцы начинают побеждать, повышая потери HECU, чьи войска поспешно эвакуируются. Правительство, в свою очередь, посылает новые силы — спецотряды «Black Ops», которые, согласно всё той же директиве, устраняют пришельцев, персонал «Чёрной Мезы», а также не успевших покинуть комплекс солдат HECU. Однако, оттеснив войска цивилизации Зена, даже они не могут справиться с существами Расы Х, несут серьёзные потери и вскоре эвакуируются из комплекса, заложив ядерную боеголовку.