То есть ВИ Протеан не активируется перед теми, кто находится под властью Жнецов, чтобы не выдать врагу информацию. Это говорится прямым текстом. Отсюда напрашивается вывод, что Шепард не одурманен,

Хрень.
Шепард НЕ был одурманен в тот момент, но он был в ПРОЦЕССЕ.

*ушел за сигами в магаз и не вернулся