Ту, разве это скрытые смыслы? Когда тебе прямым текстом по сюжету говорят и показывают кальки с фильмов, книг, игр 1к1. И когда единственным условием для того чтобы срытое открылось - это знание источника - то разве это скрытность?
Хотите расскажу о по настоящему скрытом в игре смысле? Он заключается в том что Кодзима не осилил сбор всей этой рандомной фигни воедино. И поэтому игра представляет из себя такое невнятное месиво с жиденько размазанными важными частями экспозиции ничего толком не объясняющими. Чтобы открыть это достаточно пройти игру и попытаться осмыслить её в целом, не разбивая на отдельные составляющие как сделано в этом и подобных материалах. Ну знаете, как делали люди раньше, с перечисленными в статье объектами отсылок. Вот это и будет "скрытый" смысл.
Хиральная сеть отсылает нас к антиутопии Олдоса Хаксли и проблеме перенасыщенности цифровым мусором​Неправильно, она остылает нас к великой игре великого гения Хидео Кодзимы  Metal Gear Solid 2 где диалог с ИИ в самом конце, местами говорит про перенасыщение инфополя и интернета мусором слово в слово.
Всё, минусите меня фанаты кодзимбы.