И почему раньше они назывались программами, а слово «приложение» использовалось только в контексте мобильного софта?

Я, до того как понял логику «application», искренне считал, что приложение — это приложение к чему-то: к веб-сервису, к базе данных, к чему угодно, а программа может быть и вещью в себе.