Мне несколько лет назад знакомый рассказал почему приказ 66 так называется.

Итак, Приказ 66 определял всех джедаев как предателей Галактической Республики и, следовательно, подлежащих казни Великой армией Республики. А так как клоны были союзниками джедаев, они использовали friendly fire (атаку по союзникам).

Буква F в английском алфавите является шестой по счету.

А если сократить фразу Friendly Fire, то получится FF → 66, то есть приказ 66.

Может, создатели так не думали, но то, что я написал, кажется логичным исходом.