Ну если у тебя не будет этих модификации или ты решил выбрать другой путь игры, не останавливать же игрока на выполнения квеста из-за того, что он "неправильно" играет. Если имеешь способности, то путь к цели будет быстрый, если нет, то надо подумать и выполнить некоторые трудности.

Пример неудачного геймдизайна и вариативности. Когда напихали много фишек, но они конфликтуют между собой

Это чтобы ты не умея взламывать всё равно мог войти. Типа, другим билдом играя.
А вообще эта 100% доступность контента лишает игрока интереса его исследовать. В том же ВоВе классике было дохера мест, куда ты не мог просто так попасть. Люди искали варианты, всякие стелс рейды из рог и друидов, маго-раны в DM.

иногда бывает, что без навыков нет халявных путей

Таков путь!