Без музыки в Metroid Prime не было бы прекрасной атмосферы. Уже когда высаживаешься на своём корабле в первой локации, если прислушаться, то можно услышать замедленный мотив первой локации из самого первого Metroid или ремейка Zero Mission. Или стрела ностальгии вас пронзит, когда вы спуститесь в упомянутые огненные пещеры и услышите там мотив локации «Norfair Ancient Ruins» из Super Metroid как и со мной получилось. Каждый раз туда приходил и напевал мотив вместе с игрой.