Первые полчаса прохождения Prey происходят по следующему сценарию: герой просыпается в прекрасной квартире, созванивается с братом, одевается, поднимается на лифте на крышу, садится в вертолёт, летит через весь город к другому зданию, приземляется, встречается с братом, а затем проходит несколько тестов.