В 2010 компания Index Holding поглощает Atlus, а после банкротства самой Index в 2013 ценный актив приобретает SEGA. Не стоит думать при этом, что дела у Atlus в период 2010-2013 шли плохо. Наоборот, Persona 4 Golden продавалась, как горячие пирожки (1,5 млн копий только на PS Vita), заметно обогнав ванильную версию и став первым настоящим system seller’ом в истории компании. До переиздания P4 Golden на сторонних платформах многие люди покупали PS Vita только для того , чтобы пройти эту игру. Кроме этого, у компании появилась серия Etrian Odyssey, получившая популярность на NDS.