Hyperbase с точки зрения игрового процесса похожа на Alien Isolation, но с видом сверху, а также на всем известный Pacman. Игроку предстоит пройти больше сотни случайно сгенерированных отсеков высокотехнологичной инопланетной базы, в которых по невыясненным причинам стремительно размножаются опасные организмы и вообще творится что-то странное.
Из каждого отсека можно спастись двумя путями - найти и отключить инкубаторы монстров, или закрыться от них, перемещая подвижные блоки. После спасения из одного отсека, игрок попадает в следующий, при этом со временем сложность его положения и опасность окружающей среды будет только нарастать.