Концепт-арт в фотошопе создается для поиска образа персонажа. Намного проще что-то поменять ещё на этапе концепции, потому что после создания самого пиксель-арта его ещё нужно анимировать, а это много дней кропотливой работы, которую уже просто и быстро не переделать.
Кроме того, результат в фотошопе служит каркасом для последующего пиксельарта (пикселизируется и редактируется).