Действие игры разворачивается в 1974 году, через десять лет после событий MGS 3, в Коста Рике (Что кстати фигурировало в заставке первого Syphon Filter, а так-же геймплейно представлено уже в третьей части). Игра рассказывает историю Биг Босса и подводит нас к событиям основания и создания ЧВК Outer Heaven. Рекомендуется играть в игру после третьей…