Да, можно. Здесь такой подход, что на каждом узле может быть прикреплён как минимум 1 любой скрипт, а также какое-то количество скриптов можно "официально" определить в автозагружаемые синглтоны, без навешивания на конкретные узлы сцены.
В Unity, допустим, на элемент можно пачку скриптов вешать, но в Godot это решается просто тем, что в одном узле могут быть другие узлы и на них свои скрипты. К тому же 1 узел - 1 скрипт, это как-то более аккуратно.
В общем ты можешь писать как весь код в одном месте, так и всевозможным образом разносить его по отдельным элементам.