В центре сюжета игры — охотник за головами, который ищет биочипы в альтернативном Нью-Йорке 1998-го.
Согласно сюжету Exekiller, в 1978 году на Земле произошла глобальная катастрофа — Великий пожар, после которого выжила всего треть человечества, а обитаемыми на планете остались лишь несколько мест. Государства пали, власть перешла к корпорациям.