Есть множество вариантов вести документацию, а также выстраивать процесс разработки, будь то листочек в клеточку, облачные редакторы документов или доски с информацией. Я работал с различными программами и утилитами, и хочу сказать одно — верного варианта не существует. Пробуйте. Лично для меня удобнее всего вести документацию в Word и/или Google Docs, общаться с командой напрямую по мессенджерам с возможностью звонков и контролировать процесс разработки с выставлением задач в Trello.