“Система Кобальт” это шутер от первого лица, который также включает в себя некоторые элементы исследования и изучения местности. Действие дополняется поиском различных секретов, “пасхалок” и артефактов. Сюжет затрагивает тему конфликта, происходящего в древности на Марсе. Главный герой “Кобальт” является хранителем древнего Марсианского храма. Он пытается вернуть реликвию, украденную местным синдикатом религиозных фанатиков в целях воскрешения их темного божества.